# 第一部 【企業情報】

## 第１ 【企業の概況】

### １ 【主要な経営指標等の推移】

#### (1) 連結経営指標等

回次 | 国際会計基準
移行日 | 第16期 | 第17期 | 第18期
決算年月 | 2021年１月１日 | 2021年12月 | 2022年12月 | 2023年12月
売上収益 | (千円) | － | 9,422,214 | 26,852,430 | 28,712,194
税引前利益 | (千円) | － | 3,803,764 | 6,653,325 | 4,353,469
親会社の所有者に帰属 する当期利益 | (千円) | － | 2,573,232 | 7,554,358 | 3,035,832
親会社の所有者に帰属 する当期包括利益 | (千円) | － | 3,546,177 | 6,606,348 | 8,760,519
親会社の所有者に帰属 する持分 | (千円) | 21,278,808 | 25,350,250 | 32,041,465 | 40,349,709
総資産額 | (千円) | 26,140,976 | 27,034,596 | 63,865,200 | 69,464,013
１株当たり親会社 所有者帰属持分 | (円) | 168.10 | 195.10 | 246.63 | 311.16
基本的１株当たり 当期利益 | (円) | － | 19.96 | 58.19 | 23.41
希薄化後１株当たり 当期利益 | (円) | － | 19.81 | 58.14 | 23.38
親会社所有者帰属持分 比率 | (％) | 81.4 | 93.8 | 50.2 | 58.1
親会社所有者帰属持分 利益率 | (％) | － | 11.0 | 26.3 | 8.4
株価収益率 | (倍) | － | 127.51 | 35.69 | 63.50
営業活動による キャッシュ・フロー | (千円) | － | 6,654,708 | △82,929 | 12,420,969
投資活動による キャッシュ・フロー | (千円) | － | △2,283,450 | △27,377,217 | 1,302,539
財務活動による キャッシュ・フロー | (千円) | － | 66,067 | 20,789,451 | 264,191
現金及び現金同等物 の期末残高 | (千円) | 7,149,358 | 11,746,529 | 5,247,665 | 19,507,861
従業員数 | (名) | 128 | 141 | 569 | 603

(注) １．第17期より国際会計基準(以下「IFRS」という。)に基づいて連結財務諸表を作成しております。

回次 | 日本基準
第17期
決算年月 | 2022年12月
売上高 | (千円) | 26,852,430
経常利益 | (千円) | 8,087,436
親会社株主に帰属する 当期純利益 | (千円) | 6,637,884
包括利益 | (千円) | 6,613,242
純資産額 | (千円) | 30,506,085
総資産額 | (千円) | 60,069,755
１株当たり純資産額 | (円) | 234.80
１株当たり当期純利益 | (円) | 51.13
潜在株式調整後 １株当たり当期純利益 | (円) | －
自己資本比率 | (％) | 50.5
自己資本利益率 | (％) | 24.4
株価収益率 | (倍) | 40.62
営業活動による キャッシュ・フロー | (千円) | △349,698
投資活動による キャッシュ・フロー | (千円) | △27,328,029
財務活動による キャッシュ・フロー | (千円) | 21,007,032
現金及び現金同等物 の期末残高 | (千円) | 5,247,665
従業員数 | (名) | 569

(注) １．第17期より連結財務諸表を作成しているため、それ以前については記載しておりません。

２．第17期の諸数値につきましては、金融商品取引法第193条の２第１項の規定に基づく監査を受けておりません。

## (2) 提出会社の経営指標等

回次 | 第13期 | 第14期 | 第15期 | 第16期 | 第17期 | 第18期
決算年月 | 2019年６月 | 2019年12月 | 2020年12月 | 2021年12月 | 2022年12月 | 2023年12月
売上高 | (千円) | 7,216,622 | 1,037,337 | 11,677,253 | 9,365,964 | 15,406,109 | 12,702,965
経常利益又は経常損失(△) | (千円) | 3,806,852 | △706,537 | 6,976,277 | 4,774,477 | 8,828,041 | 6,351,644
当期純利益又は当期純損失(△) | (千円) | 2,770,141 | △488,464 | 4,448,357 | 3,606,407 | 4,298,050 | 5,817,622
持分法を適用した場合の 投資損失(△) | (千円) | △96,756 | △140,711 | △729,057 | △470,053 | － | －
資本金 | (千円) | 3,930,541 | 3,930,541 | 3,933,885 | 3,956,738 | 3,956,738 | 3,956,738
発行済株式総数 | (株) | 125,310,400 | 125,310,400 | 125,910,400 | 130,010,400 | 130,010,400 | 130,010,400
純資産額 | (千円) | 17,449,054 | 16,978,289 | 21,217,004 | 24,998,595 | 29,425,266 | 40,574,445
総資産額 | (千円) | 20,040,205 | 17,817,340 | 26,266,729 | 26,619,168 | 55,234,956 | 68,157,847
１株当たり純資産額 | (円) | 138.73 | 134.97 | 168.10 | 192.39 | 226.48 | 312.89
１株当たり配当額 (１株当たり中間配当額) | (円) | － | － | － | － | － | －
（－） | (－) | (－) | (－) | (－) | (－)
１株当たり当期純利益金額又は１株当たり当期純損失金額(△) | (円) | 22.42 | △3.90 | 35.40 | 27.98 | 33.11 | 44.85
潜在株式調整後 １株当たり当期純利益金額 | (円) | 21.33 | － | 34.26 | 27.78 | － | －
自己資本比率 | (％) | 86.6 | 94.8 | 80.5 | 93.8 | 53.2 | 59.5
自己資本利益率 | (％) | 17.3 | － | 23.4 | 15.6 | 15.8 | 16.6
株価収益率 | (倍) | 245.76 | － | 148.02 | 90.96 | 62.73 | 33.14
配当性向 | (％) | － | － | － | － | － | －
営業活動による キャッシュ・フロー | (千円) | 4,480,938 | 241,982 | 1,732,733 | 6,654,708 | － | －
投資活動による キャッシュ・フロー | (千円) | △1,258,726 | △138,251 | △1,200,025 | △2,283,450 | － | －
財務活動による キャッシュ・フロー | (千円) | 28,508 | － | △237,244 | 66,067 | － | －
現金及び現金同等物の 期末残高 | (千円) | 6,853,150 | 6,986,722 | 7,149,358 | 11,746,529 | － | －
従業員数 | (名) | 104 | 107 | 128 | 141 | 155 | 153
株主総利回り | (％) | 119.5 | 121.5 | 113.7 | 55.2 | 45.1 | 32.2
(比較指標：TOPIX(配当込み)) | (％) | (91.8) | (103.0) | (110.6) | (124.7) | (121.7) | (156.1)
最高株価 | (円) | 6,200 | 6,240 | 5,760 | 6,540 | 2,613 | 2,549
最低株価 | (円) | 3,290 | 4,585 | 3,165 | 2,445 | 1,204 | 1,039

(注) １．第14期の潜在株式調整後１株当たり当期純利益及び自己資本利益率並びに株価収益率については、１株当たり当期純損失であるため記載しておりません。

２．第17期及び第18期において、潜在株式調整後１株当たり当期純利益については、希薄化効果を有している潜在株式が存在しないため記載しておりません。

２．１株当たり当期純利益金額及び潜在株式調整後１株当たり当期純利益金額の算定上の基礎となる普通株式の期中平均株式については、株式会社日本カストディ銀行（信託Ｅ口）が所有する当社株式を控除対象の自己株式に含めて算出しております。また、１株当たり純資産額の算定においては、期末発行済株式総数から控除する自己株式数に含めて算出しております。

３．従業員数は、就業人数であり、使用人兼務役員は含まれておりません。

４．最高株価及び最低株価は、2022年４月３日以前は東京証券取引所第一部におけるものであり、2022年４月４日以降は東京証券取引所プライム市場におけるものであります。

５．2019年９月26日開催の第13期定時株主総会決議により、事業年度の末日を６月30日から12月31日に変更いたしました。従って、第14期は2019年７月１日から2019年12月31日の６ヶ月間となっております。

６．第17期より連結財務諸表を作成しているため、第17期以降の持分法を適用した場合の投資損失、営業活動によるキャッシュ・フロー、投資活動によるキャッシュ・フロー、財務活動によるキャッシュ・フロー及び現金及び現金同等物の期末残高は記載しておりません。

### ２ 【沿革】

当社は、2006年７月に国立大学法人東京大学駒場リサーチキャンパス内にある東京大学先端科学技術研究センター（国際・産学共同研究センター）にて設立されました。当社は国立大学法人東京大学よりペプチドの創薬プラットフォームシステムであるPDPS（Peptide Discovery Platform System）を構成するコア特許ポートフォリオの包括的な第三者へのサブライセンス権付き独占的通常実施権を取得し、さらに当社内で技術改良及びノウハウの蓄積を進め、ペプチド創薬のスタンダード技術であるPDPSを確立してまいりました。当社ではこの当社独自のPDPSを活用し、自社あるいはパートナーとの共同研究等を通じて革新的医薬品の研究開発を進めております。また、2022年３月には放射性医薬品事業を実施するＰＤＲファーマ株式会社を子会社化し、創薬開発事業及び放射性医薬品事業の二つのセグメントで事業を実施しております。当社グループでは、「医療のあり方や患者さんの人生に変革をもたらす次世代医薬品の創出」をミッションとして全世界の病気で苦しんでいる方に「ありがとう」と言ってもらえる仕事に取り組んでまいります。

当社設立以後の主な変遷は、以下のとおりです。

年月 | 概要
2006年７月 | 菅裕明（フレキシザイム技術の開発者であり、国立大学法人東京大学教授）、窪田規一（元当社取締役会長）を創業者として、東京都千代田区にて当社設立（ラボは東京大学先端科学技術研究センター内）
2006年12月 | 国立大学法人東京大学とフレキシザイムを中心とした包括的な第三者へのサブライセンス権付き独占的通常実施権を取得
2007年５月 | ニューヨーク州立大学とフレキシザイム開発に係る基本特許に関して第三者へのサブライセンス権付き独占的通常実施権を取得
2009年３月 | 本社を東京都目黒区（東京大学先端科学技術研究センター内）に移転
2010年４月 | 本社及びラボ機能を東京都目黒区（国立大学法人東京大学駒場リサーチキャンパスKOL内）に移転
2010年10月 | 当社独自の基盤技術である創薬開発プラットフォームシステム（PDPS: Peptide Discovery Platform System）を確立
2013年６月 | 株式会社東京証券取引所マザーズ市場に上場
2015年12月 | 東京証券取引所市場第一部に市場変更
2017年７月 | 本社及び研究所を東京都目黒区（国立大学法人東京大学駒場リサーチキャンパスKOL内）から神奈川県川崎市殿町にある国際戦略拠点「キングスカイフロント」内の新社屋に移転
2017年９月 | 創業メンバーの一人としてPDPSの基盤技術の確立、及び製薬企業との各種研究開発プログラムをCSO（チーフ・サイエンス・オフィサー）として統括してきたリード・パトリックが代表取締役社長に就任
2017年９月 | 塩野義製薬株式会社及び積水化学工業株式会社と合弁で特殊ペプチド原薬の製造プロセスに関する研究開発、製造及び販売を行うCDMO（Contract Development and Manufacturing Organization：医薬品開発製造受託機関）、ペプチスター株式会社を設立
2020年４月 | 三菱商事株式会社と細胞培養向け培地の重要成分である、成長因子を代替するペプチドの開発、製造及び販売を行う合弁会社、ペプチグロース株式会社を設立
2020年11月 | 富士通株式会社、みずほキャピタル株式会社、株式会社竹中工務店及びキシダ化学株式会社と新型コロナウイルス感染症治療薬の開発を目的とした合弁会社、ペプチエイド株式会社を設立
2022年３月 | 放射性医薬品事業を実施するＰＤＲファーマ株式会社（現 連結子会社）の株式を取得
2022年４月 | 東京証券取引所の市場区分見直しに伴い、東京証券取引所市場第一部からプライム市場に移行

### ３ 【事業の内容】

#### (1) 事業概要

当社グループは、当社独自の創薬開発プラットフォームシステムであるPDPSを活用した創薬開発事業、及び当社の100%子会社であるＰＤＲファーマ株式会社による放射性医薬品事業を実施しており、医薬品等の研究・開発・製造・販売等に従事しています。

なお、当社グループの報告セグメント及び事業内容は、次のとおりであります。

＜報告セグメントの内容＞

会社名 | 報告セグメント | 事業内容
ペプチドリーム株式会社 | 創薬開発事業 | 創薬開発事業として、当社は当社独自の創薬プラットフォームシステムであるPDPSを中核とした創薬基盤技術を活用した①創薬共同研究開発、②PDPSの技術ライセンス、③戦略的提携による自社パイプラインの拡充を行っております。
ＰＤＲファーマ株式会社 | 放射性医薬品 事業 | 放射性医薬品事業として、がんや脳の異常蓄積等の病変を画像で検査する診断用放射性医薬品（SPECT（Single Photon Emission Computed Tomography）用診断薬、PET（Positron Emission Tomography）用診断薬）及びがん領域を中心としたアンメットメディカルニーズに対応する治療用放射性医薬品の研究開発、及び製造販売を行っております。

事業の系統図は、以下のとおりです。

＜事業系統図＞　※当社見解に基づく/当社作成

### ４ 【関係会社の状況】

名称 | 住所 | 資本金 又は 出資金 (千円) | 主要な事業 の内容 | 議決権の所有（又は 被所有） 割合(％) | 関係内容
(連結子会社) |  |  |  |  |
ＰＤＲファーマ株式会社 | 東京都中央区 | 100,000 | 放射性医薬品の研究開発及び製造販売 | 直接 100.0 | 役員の兼任 営業上の取引
(関連会社及び共同支配企業) |  |  |  |  |
ペプチグロース株式会社 | 東京都千代田区 | 495,500 | 細胞培養向け成長因子代替ペプチドの開発、製造及び販売 | 直接 39.5 | 役員の兼任 営業上の取引 資金の貸付
ペプチエイド株式会社 | 神奈川県川崎市 川崎区 | 100,000 | 医薬品の研究、開発、製造、販売及び輸出入 | 直接 39.4 | 役員の兼任 営業上の取引

(注) １．有価証券届出書又は有価証券報告書を提出している会社はありません。

２．当連結会計年度における連結財務諸表の売上収益に占める連結子会社の売上収益（連結会社間の売上収益を除く）の割合が100分の10を超える会社はＰＤＲファーマ株式会社のみであり、その主要な損益情報等は、次のとおりです。

| （単位：千円）
売上収益 | 16,096,188
営業利益 | 509,873
当期利益 | 1,486,634
資本合計 | 19,412,583
資産合計 | 22,371,290

### ５ 【従業員の状況】

#### (1) 連結会社の状況

2023年12月31日現在

セグメントの名称 | 従業員数(名)
創薬開発事業 | 153
放射性医薬品事業 | 450
合計 | 603

(注)　従業員数は、契約社員を含む就業人員であります。

#### (2) 提出会社の状況

2023年12月31日現在

従業員数(名) | 平均年齢(歳) | 平均勤続年数(年) | 平均年間給与(千円)
153 | 39.2 | 4.9 | 9,591

セグメントの名称 | 従業員数(名)
創薬開発事業 | 153
合計 | 153

(注) １．従業員数は、契約社員を含む就業人員であります。

２．平均年間給与は、賞与及び基準外賃金を含んでおります。

#### (3) 労働組合の状況

労働組合は結成されておりませんが、労使関係は円満に推移しております。

(4) 多様性に関する指標

①提出会社

管理職に占める 女性の割合（％） （注）２ | 男性労働者の育児 休業の取得率（％） （注）３ | 労働者の男女の賃金の差異（％）
全労働者 | 正規雇用労働者 | パート・有期労働者 （注）１
24.1 | 50.0 | 86.0 | 86.0 | －

(注)１．パート・有期労働者には男性社員がいないため「－」としています。

２．「女性の職業生活における活躍の推進に関する法律」（平成27年法律第64号）の規定に基づき算出したものです。

３．「育児休業、介護休業等育児又は家族介護を行う労働者の福祉に関する法律」（平成３年法律第76号）の規定に基づき、「育児休業、介護休業等育児又は家族介護を行う労働者の福祉に関する法律施行規則」（平成３年労働省令第25号）第71条の４第１号における育児休業等の取得割合を算出したものです。

②連結子会社

| 管理職に占める 女性の割合（％） （注）１ | 男性労働者の育児 休業の取得率（％） （注）２ | 労働者の男女の賃金の差異（％）
全労働者 | 正規雇用労働者 | パート・ 有期労働者
ＰＤＲ ファーマ 株式会社 | 8.7 | 44.4 | 81.0 | 76.9 | 123.7

(注)１．「女性の職業生活における活躍の推進に関する法律」（平成27年法律第64号）の規定に基づき算出したものです。

２．「育児休業、介護休業等育児又は家族介護を行う労働者の福祉に関する法律」（平成３年法律第76号）の規定に基づき、「育児休業、介護休業等育児又は家族介護を行う労働者の福祉に関する法律施行規則」（平成３年労働省令第25号）第71条の４第１号における育児休業等の取得割合を算出したものです。